Pilte Brainmaps.org lehelt

Mujalt pärit pilt ajusuuruste võrdluseks. Kõik valitud pildid peale ühe on reesusahvi (Macaca mulatta) ajust, mis on neurobioloogias üks tavalisem primaat, kellega kirurgiat vajavaid uuringuid tehakse.

Brainmaps.org laseb vaadata osade liikide ajuviilude fotosid mille detailsus on piisav, et saaks suurendada üksikrakkude nägemiseni. Ühe otstarbena peaks see vähendama vajadust katseloomade tapmise järele anatoomia õppimise pärast. Inimese ajuviilude fotosid on seal vähe  ning enamasti värvimata (kokku on seal 6 pilti inimese värvitud ajuviiludest). Kui ajuviil on värvimata, siis on seal raskem rakkusid eristada.

Taalamuse külgmine ja alumine osa paistavad käsna laadselt õõnsustega. Neid tühjemaid kohti näeb CO, kaaliumikanalite ja veidi ka müeliini värvimise järel. Veresoontest jäänud auke näeb peaaegu igas aju osas.

(Nagu alati saab pilte täissuuruses näha kui need avada uues aknas)

Näide värvimata taalamusest ja ajukoorest. Üksikrakud on nõrgalt eristatavad.

Värvimisel on nimetatud mis aine või valk on värvitud.  
Weil värvimisel on valge massi müeliin tumedaks värvitud.
CO (tsütokroom oksidaas) värvimisel on tumedamalt värvunud kiiremini energiat kulutavad piirkonnad (tsütokroom oksidaasi leidub igas hapnikku hingavas keharakus).
Laengust sõltuvate kaaliumikanalite värvimisel näeb neuroni eri osasid kuigi neid leidub veel teistes keharakkudes.
Nissl värvimisega värvuvad rakukehad ja rakutuumad tumedaks (gliaalrakud ja neuronid läbisegi).
SMI-32 värvib ära aksonites asuva neurofilament H (esineb ainult neuronites), mis osaleb aksonite diameetri suurendamises sama laenguga abil üksteisest eemale tõukudes. Tavaliselt suureneb aksoni diameeter suurema neurofilament H (NF-H) kontsentratsiooniga kuigi vähemalt 2 gruppi neurofilamente on veel, mille proportsioonist sõltub kas NF-H suurendab diameetrit või mitte kuigi neid teisi neurofilamendi valke ei paistnud värvitult.

Näide rakukehade värvimisest. Tumedamalt on näha tihedamalt rakke sisaldavad kohad kuid ühenduste suunad on tavaliselt raskesti eristatavad. Selle värvimisega paistab ka valges massis palju rakukehasid kuigi peaaegu ükski neist pole neuron vaid gliaalrakk.

Näiteid valge massi värvimisel nähtavast.

Kaaliumikanalite värvimisel paistab taalamuse käsnalaadne sisestruktuur kuid ajukoore kihid jäävad raskesti eristatavaks.

CO värvimisel on nähtu sarnane kaaliumikanalite värvimise järgselt nähtavaga. Taalamus on käsnalaadne ja basaalganglia rakud on ligikaudu ühel sirgel.

Neurofilament H

NF-H puhul tähistab H suurt massi. Väikse ja keskmise massiga neurofilamendid on vastavalt NF-L ja NF-M.
Võimalik, et teadvus sõltub aksonite paksusest kuna paksem akson vahendab kiiremini signaale ja suurema ruumalaga aksonisse peaks rohkem laenguga osakesi voolama närviimpulsi käigus, mis suurendaks rakus toimuvad elektrilist aktiivsust.

NF-H värvimine on nendest saadaolevatest värvitud piltidest ainsad, kus näeb selgelt rakustruktuuri. Ajukoorel teeb see nähtavaks neuronite väga stereotüüpse paigutuse milles paistab 2 eristatavat rakukihti. Need kihid on sarnased näiteks singulaatkorteks (esimene pilt) ja hippokampuse läheduses oleval ajukoorel. Kohati lähevad need kihid paksemaks ja tihedamaks aga selgemad kõrvalekalded nendest kahest suurest kihist toimuvad ajukoore äärealadel või teiste ajutuumade lähedal. 

Nägemisnärvi signaale vahendav lateraalne genikulaattuum (LGd) asub pulvinari alaosa (Plil) kõrval. Kui LG rakud olid peaaegu ülekattuvalt tihedalt koos, siis Plil sees on näha üksikud suured neuronid, mis asuvad ühtlaselt hajusalt laiali. 

Keskaju ja taalamuse alune lähiümbrus. See rajoon osaleb palju emotsioonide ja kehalise aktiivsuse tekitamises. Subtalaamse tuuma (Sb) stimulatsioon võib ajada naerma. Selle all paistab dopamiiniallikas substantia nigra, milles on hästi värvuvad dopamiinirakud oma paksude kimpudega.

Teistel piltidel võib taalamuse all näha ligikaudu ühtlast tumedaks värvunud sõrestikku mõne suure peaaegu mustaks värvunud rakuga. Ülapildi vasakus servas paistev rakukogum võib-olla keskaju PAG (nimetust polnud juures aga asub taalamuse all). Selles piirkonnas paistab samuti käsna laadne sõrestik.

Hippokampus

Hippokampuse juures olev ajukoore osa on entorhinaane korteks (pildil EN). Selle pealmised kihid toovad sisendsignaale hippokampusele. Edasi liiguvad need DG rakkudele ja sealt edasi läbi CA3 ja CA1 subciulum'i (SB), mis on üks selgemalt värvuvate rakkudega hippokampuse väljundsignaalide saaja. Seal edasi võivad signaalid minna uuele ringile läbi hippokampuse või entorinaalsesse korteksisse. Osad signaalid väljuvad hippokampusest forniksi kaudu mammillaarkehadele ja septaaltuumadele. Hippokampuse juures on tähistatud fimbria (FI), milles on forniksi moodustavad aksonid.